장기설(한자: 瘴氣說)은 나쁜 공기에 의해 질병이 유발된다는 설이다. 이 설은 부패한 유기물질로부터 나오는 나쁜 공기에 의해 전염병이 발생한다고 주장하였다.
장기설은 고대 유럽, 인도, 중국 등지에서 널리 받아들여졌다. 이 설은 19세기에 세균 등 미생물의 존재가 확인되면서 잘못된 것으로 판명되었고, 이후 세균설로 대체되었다.